Felix Magath asumió el control y condujo al Bayern hacia dos dobletes consecutivos. Era la segunda vez, después de hacerlo en 2006, que el Bayern encadenaba dos dobletes consecutivos. El 5 de agosto, el Bayern ganaría la Supercopa de Alemania 2017 por sexta vez, en una tanda de penaltis contra el Borussia Dortmund. Pocos días después consiguió el quintuplete por segunda vez en su historia al vencer 3:2 al Borussia Dortmund en la Supercopa de Alemania. Las derrotas adicionales en la Copa de Alemania y en la Copa de la Liga dejaron al club sin trofeos. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, equipacion bayern munich dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood». Cuando el Bayern fichó a Alexander Zickler por 2.3 millones de marcos, muchos consideraron que este importe era un subsidio para que el equipo de Dresde saliera de los apuros financieros.
La siguiente temporada el equipo continuaba con un rendimiento regular y tras la jornada 10 donde el Bayern fue derrotado 5:1 por el Eintracht Fráncfort, Kovač fue despedido, asumiendo el cargo como interino Hans-Dieter Flick. El 6 de abril, el Bayern se proclamó campeón de liga por 23.ª vez en su historia, a falta de seis jornadas para el final, tras una victoria por 0:1 ante el Eintracht Fráncfort. En la semifinal de Liga de Campeones eliminó al Barcelona con un global de 7:0, donde posteriormente, el 25 de mayo, se proclamó campeón de la Liga de Campeones tras derrotar 2:1 al Borussia Dortmund en el estadio de Wembley. En la Liga de Campeones de la UEFA el club fue eliminado por el Liverpool en los octavos de final, siendo la primera vez desde 2011 que el Bayern no llegaba a la instancia de cuartos de final. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario.
En la temporada de 2010-11 fueron eliminados en la ronda de octavos en la Liga de Campeones de la UEFA 2010-11 nuevamente por el Inter de Milán por la citada regla de goles fuera de casa. Bayern terminó cuarto en la temporada de 2006-07, así que no pudo clasificarse para la Liga de Campeones por primera vez en más de una década. En cambio, el 30 de agosto, el Bayern ganó su primera Supercopa de Europa, derrotando al Chelsea en la tanda de penaltis, tras un 2:2 al final de la prórroga. Después de un breve descanso, el equipo comenzó la temporada 2020-21 ganando la Supercopa de Europa por segunda vez en su historia. El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht. Zidane hizo historia al conseguir su segunda Copa de Europa en su segundo año año de entrenador del equipo. Con ocho títulos desde su llegada como entrenador, en aquel momento Zidane se convirtió en el segundo técnico más laureado de la historia del club tras los catorce títulos conquistados por Miguel Muñoz, e igualar los logrados de Luis Molowny.
En marzo de 2019, el club anunció el fichaje de Lucas Hernández del Atlético de Madrid por una tarifa récord tanto del club como de la liga por € 80 millones. Según varios informes, el Bayern pagó a Leipzig 25 millones de euros, un récord mundial para un entrenador, como compensación por los servicios de Nagelsmann. El 6 de octubre la directiva del club confirmó el regreso de Jupp Heynckes hasta el final de temporada iniciando así su cuarta etapa como entrenador del Bayern. Por su parte Jupp Heynckes ha sido entrenador en cuatro ocasiones. Jupp Heynckes fue contratado como entrenador en 1987, pero después de ganar dos campeonatos consecutivos en 1988-89 y 1989-90, el Bayern se hundió. El club siguió con su buen andar en liga y alcanzó su octavo título consecutivo, así como también la copa nacional, siendo el decimotercer doblete en la historia del club. Con la victoria, el Bayern ganó su decimonoveno título en este torneo y su duodécimo doblete doméstico. En la Liga de Campeones, el Bayern alcanzaría la semifinal tras derrotar 8:2 al Barcelona, siendo este el peor resultado continental para el club español. Un día después, Willy Sagnol —quien para el momento se desempeñaba como segundo entrenador— asumió las riendas del club de forma interina.
Existen diversas teorías sobre las causas que llevaron a los fundadores del club a escoger estos colores, aunque no hay ninguna que esté suficientemente contrastada como para ser considerada válida. Inicialmente se barajó el nombre de «Parque de Sports del Real Madrid F. C.» como nombre para el nuevo recinto, finalmente se lo bautizó, oficialmente, como «Campo del Real Madrid Club de Fútbol». Florentino y la entrada en la posiblemente peor etapa institucional del club desde la guerra. El «veterano» entrenador Jupp Heynckes —que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11— sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. En él se enfrentaron al Athletic Club, el club más laureado del campeonato liguero, competición en la que debutaron frente al Fútbol Club Barcelona. El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro. Años más tarde, consiguieron el apodo de Die Rothosen (Los pantalones cortos rojos), el cual no precisamente era un cumplido. Hermann era hasta la fecha el segundo entrenador del Fortuna Düsseldorf, por su parte, Gerland era responsable del área deportiva del FC Bayern Campus.
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