A mediados de la temporada, salió segundo en la votación por el Balón de Oro, perdiendo frente a Lionel Messi, otra joven estrella que estaba emergiendo de los eternos rivales del Madrid, el F.C Barcelona, y quien sería su principal competidor durante sus años en España. El mejor promedio goleador de Ronaldo, a casi un gol por partido, no fue suficiente para superar los octavos de final de la Liga de Campeones, ni los dieciseisavos de final de la Copa del Rey -en la que no pudo debutar por lesión-, donde el club sufrió dos dolorosas eliminaciones en sendas competiciones en las que estaba sumido en una crisis de resultados tras encadenar varias temporadas de prontas o cruciales eliminaciones.